Per a la gestió d'aquests usos i espais s'ha plantejat un sistema de funcionament que ha de garantir el manteniment del projecte amb la participació de tots els membres, cada un segons les seves possibilitats i voluntats, i procurar la creació de riquesa col·lectiva segons les necessitats del projecte i dels aliens. Això ha de ser d'una manera horitzontal, transparent i crítica, per tal de fomentar sistemes de relacions humanes amb aquestes característiques.

L'element del joc relatiu al funcionament del projecte és la pròpia Nautarkia, un sistema de 'govern dels navegants' entenent com a navegants els diferents participants puntuals o habituals del projecte. La Nautarkia es defineix per constituir diferents galàxies temàtiques i constel·lacions transversals, que són enteses com a grups de treball, uns temàtics i els altres funcionals. Aquests perfilaran l'organigrama col·lectiu, on les decisions comunes estan mediades per grups concrets però on hi participen tots els altres. Amb aquest organigrama es pretén poder distribuir totes les responsabilitats, a diferents nivells, entre els aliens participants i garantir una diversitat en les diferents temàtiques i accions durant el procés del projecte.

Galàxies

Constel·lacions

També n'hi ha 9, cada una d'elles relacionada amb una Galàxia temàtica i un aspecte important i comú del projecte. Tant a nivell de manteniment com de desenvolupament. Estan constituïdes per tots els membres que ho desitgin de la galàxia temàtica a qui es relaciona, i per un membre de cada altra galàxia temàtica. És a dir, un mínim de 9 aliens. Un d'aquests, serà qui farà les tasques de coordinació i comunicació de la constel·lació, la qual ha de ser prou clara i relacionada amb una persona concreta.

Les constel·lacions transversals poden plantejar activitats a nivell intern per una banda i conjunt a totes les galàxies per l'altra. Així es poden realitzar accions col·lectives de manteniment i desenvolupament, una per trimestre, per tal de poder facilitar el coneixement i configuració de les propostes. Així mateix, les constel·lacions poden pautar les tasques a realitzar dins les altres activitats en relació als seus àmbits respectius.

Aquestes constel·lacions tenen un paper rellevant dins la fase de preparació per tal de fomentar la coordinació galàctica i oferir pautes d'ús per als diferents escenaris del joc. Al mateix temps tindran diferents papers durant la fase d'execució i especialment en la de conclusió on desapareixen, en certa manera, les galàxies temàtiques (ja que no hi haurà activitats programades).