Per a la gestió d'aquests usos i espais s'ha plantejat un sistema de funcionament que ha de garantir el manteniment del projecte amb la participació de tots els membres, cada un segons les seves possibilitats i voluntats, i procurar la creació de riquesa col·lectiva segons les necessitats del projecte i dels aliens. Això ha de ser d'una manera horitzontal, transparent i crítica, per tal de fomentar sistemes de relacions humanes amb aquestes característiques.

L'element del joc relatiu al funcionament del projecte és la pròpia Nautarkia, un sistema de 'govern dels navegants' entenent com a navegants els diferents participants puntuals o habituals del projecte. La Nautarkia es defineix per constituir diferents galàxies temàtiques i constel·lacions transversals, que són enteses com a grups de treball, uns temàtics i els altres funcionals. Aquests perfilaran l'organigrama col·lectiu, on les decisions comunes estan mediades per grups concrets però on hi participen tots els altres. Amb aquest organigrama es pretén poder distribuir totes les responsabilitats, a diferents nivells, entre els aliens participants i garantir una diversitat en les diferents temàtiques i accions durant el procés del projecte.

Galàxies

Constel·lacions

Són 9 i són les que ens donen els principals referents per a l'acció col·lectiva. Tot alien ha de pertànyer a una o altra galàxia. La seva activitat està plenament relacionada amb la trama lúdica, de fet és la seva font d'inspiració. Cada una d'elles s'encarrega de coordinar a través d'una constel.lació transversal el manteniment d'una part del projecte així com de projectar les accions que tinguin relació amb la seva temàtica. En un principi cada galàxia podrà organitzar un màxim de 3-4 activitats. D'aquestes, tan sols una ho podrà fer com a galàxia individual, les altres hauràn d'ésser en conjunció amb d'altres galàxies o amb elements externs al projecte.

Els Alien que formin una galàxia s'hauran de repartir una sèrie de càrrecs. Tots els càrrecs són individuals, alguns d'ells són únics i d'altres es poden acumular.

- Coordinador de la galàxia: Càrrec únic, és l'encarregat de l'organització i comunicació interna de la galàxia.

- Representant a la constel·lació transversal: Càrrec acumulable. Ha de facilitar la comunicació de la galàxia amb qui coordina la constel·lació i consequent galàxia. Per exemple: L'Alien de la galàxia Natura que participi en el consell d'ancians, també serà l'encarregat de comunicar-se amb la galàxia Metafisi, coordinadora del consell d'ancians.

Més enllà d'aquests càrrecs, cada una de les Galàxies és lliure de funcionar com desitgi sempre respectant els altres elements del joc. És a dir, és lliure de reunir-se quan vulgui, funcionar com vulgui, etc. No obstant hi haurà propostes desenvolupades per les constel·lacions transversals que hi tinguin relacio. El què sí que demanarà el joc, tal i com expliquem a l'apartat Puntuació, és que hi hagi Aliens responsables per cada una de les tasques que es realitzin.